تم إنشاء النقابة العامة للأطباء البيطريين بموجب القانون رقم 65 لسنة 1940 كنقابة فرعية للنقابة العليا للمهن الطبية .
تعمل الآن بموجب القانون 48 لسنة 1969 تحت ظل اتحاد نقابات المهن الطبية الصادر بشأنة القانون 13 لسنة 1983م و الذي يضم نقابات الأطباء البشريين , الأطباء البيطريين, أطباء الأسنان , الصيادلة.
و يتكون مجلس إتحاد نقابات المهن الطبية من ممثلين للنقابات الطبية و هم من البشريين و يكون النقباء الثلاثة الآخرين وكلاء للإتحاد.
و يدير النقابة الأجهزة الآتية :-
الجمعية العمومية :- و تضم جميع الأعضاء المسجلين بالجدول العام بالنقابة العامة
مجلس النقابة :- و يتكون من 25 عضو يتم انتخابهم بالاقتراع السري لمدة 4 سنوات من النقيب و عدد 24 عضوا نصفهم من الأعضاء الذين مضى على عضويتهم بالنقابة أكثر من 15 عاما و النصف الأخر أعضاء أقل من 15 عاما و يكون تمثليهم على مستوى الجمهورية.
